伊朗海军同样遭受重创。 卫星画面显示，位于阿巴斯港的海军总部多栋建筑及舰艇在战争初期即遭击中，现场可见浓烟弥漫及明显毁损痕迹; 另有海军基地亦有多艘军舰受损。

此外，位于德黑兰东郊的伊斯兰革命卫队海军总部及指挥设施也出现严重破坏。 BBC指出，卫星影像显示多栋建筑遭炸毁，部分设施几乎被夷为平地。 海军总司令唐西里（Alireza Tangsiri）更在3月底的以色列军事行动中遭击毙。

美方官员宣称，自战争爆发以来已对超过1.3万个目标发动攻击。 美国总统川普日前更表示，伊朗海军与空军皆已遭到彻底摧毁。

不过，军事专家认为，虽然伊朗传统空军与海军战力遭受重大打击，但仍保有飞弹与无人机反击能力。 卫星影像也显示，伊朗正利用停火期间修复部分弹道导弹基地，清除瓦砾并重建受损坑道，显示军事重建工作已逐步展开。

BBC分析指出，由于伊朗多数军事设施高度机密，目前已确认的51处受损基地可能仅为整体损害的一部分。 根据军事情报机构估计，伊朗境内约有近200座军事与革命卫队基地，实际受创规模仍有待进一步确认。