调查组查明，事故的直接原因是昆明南工务段在洛羊镇站实施施工作业时，施工负责人在未接到准许施工的调度命令，明知不具备施工条件的情况下，违章打开作业门并带领作业人员进入作业区域，且未与工地防护员共同确认列车运行情况，违章指挥作业人员开展施工作业;驻站联络员未按规定掌握列车运行情况并及时准确向工地防护员发出预报和确报信息，未提醒和督促现场下道避车，致使作业人员被正常通过的55537次检测列车撞击，造成重大人员伤亡。
报道指出，调查组对涉嫌重大责任事故罪的驻站联络员移送司法机关处理，对负有责任的昆明局集团公司、成都铁路监督管理局等单位的34名有关人员给予党纪政务处理。
调查发现昆明局集团公司施工方案审核把关不严，施工结合部缺乏统一管理;惯性违章指挥问题突出，防护体系层层失守;企业安全管理不严不实，隐患排查整治走过场等问题，同时也暴露出相关部门存在行业管理和监管执法不到位的问题。
